Từ năm 1978, Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam đã có chủ trương giao cho Ban Tuyên huấn Trung ương và Bộ Văn hóa – Thông tin chỉ đạo việc nghiên cứu, chuẩn bị biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam. Sau đó, Bộ Chính trị có Nghị quyết số 37-NQ/TW ngày 20/4/1981 về "Xúc tiến việc biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam"[2].

Trên cơ sở Nghị quyết của Bộ Chính trị Đảng Cộng sản Việt Nam, năm 1981, Ban Từ điển bách khoa được thành lập trực thuộc Ủy ban Khoa học xã hội Việt Nam.[2] Ngày 10 tháng 10 năm 1983, Hội đồng Bộ trưởng (Chính phủ) ban hành Nghị định số 167/HĐBT thành lập Viện Từ điển bách khoa trực thuộc Ủy ban Khoa học xã hội Việt Nam.[2]

Năm 1987, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng Phạm Văn Đồng ký Quyết định số 163a/CT ngày 15 tháng 5 năm 1987 "Quyết định thành lập Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam"[2].

Ngày 28 tháng 12 năm 1988, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (Thủ tướng Chính phủ) ra Quyết định số 321-CT giải thể Viện Từ điển bách khoa, thành lập Trung tâm Quốc gia biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam.[2] Ngày 24 tháng 12 năm 1997, Thường vụ Bộ Chính trị Đảng Cộng sản Việt Nam cho ý kiến đồng ý chuyển Trung tâm Quốc gia biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam thành Nhà xuất bản Từ điển bách khoa.[2]

Ngày 30 tháng 6 năm 1998, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 112/1998/QĐ-TTG "Thành lập Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam để giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo thực hiện kế hoạch, nội dung biên soạn và xuất bản các loại bách khoa thư và từ điển bách khoa, thay cho Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam thành lập theo Quyết định số 163a/CT ngày 15 tháng 5 năm 1987 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng"[3][4] do giáo sư Hà Học Trạc làm Chủ tịch Hội đồng.

Ngày 30 tháng 6 năm 1998, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 112/1998/QĐ-TTg xác định cơ quan chủ quản của Nhà xuất bản là Hội đồng Quốc gia Chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam. Ngày 8/12/1998 Nhà xuất bản Từ điển bách khoa được thành lập.[2]

"Tập 1 của Bộ Từ điển đã được in thử (tháng 12 năm 1994), gửi đi trưng cầu ý kiến trước khi in chính thức và đã nhận được 160 bản nhận xét của các uỷ viên Bộ chính trị, các bộ trưởng, các chuyên gia khoa học đầu ngành"[5]. Sau 6 năm biên soạn, bộ Từ điển bách khoa Việt Nam được hoàn thành vào ngày 12 tháng 9 năm 1995 và được Trung tâm Biên soạn từ điển Bách khoa Việt Nam in và nộp lưu chiểu tại Công ty In Tiến Bộ tháng 12 năm 1995.

Kế hoạch biên soạn một bộ Bách khoa toàn thư Việt Nam đầu tiên cũng được dự định tiến hành. Dự kiến bộ sách này gồm 23 quyển và một quyển sách dẫn với số lượng trên dưới 30.000 mục từ và chi phí dự kiến cho toàn bộ công trình khoảng 50 tỷ đồng, thực hiện trong vòng 6-7 năm.

Tiếp đó, Từ điển Bách khoa tiếp tục được hoàn thiện và tái bản năm 2005. Cuối tháng 9 năm 2006, Từ điển bách khoa Việt Nam bị tố cáo là có tham nhũng và tiêu cực. Phó thủ tướng Phạm Gia Khiêm yêu cầu Bộ công an điều tra về việc tham ô, làm thất thoát hơn 1,5 tỷ đồng và mất trộm 50 triệu đồng tiền công quỹ tại hội đồng chỉ đạo biên soạn.[6] Một kết quả điều tra vào cuối tháng 11 năm 2006, cho thấy chủ tịch hội đồng đã cố ý làm trái quy định của nhà nước và hội đồng biên soạn đã tham ô hơn 471 triệu đồng.[7]

Ngày 27 tháng 7 năm 2007, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 921/QĐ về việc kết thúc hoạt động của Hội đồng Quốc gia Chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam và chuyển Nhà xuất bản Từ điển bách khoa về Viện Khoa học xã hội Việt Nam.[2]

Ngày 4 tháng 8 năm 2008, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 1055/QĐ-TTg quy định Nhà xuất bản Từ điển bách khoa là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện Khoa học xã hội Việt Nam. Ngày 17 tháng 9 năm 2008, Chủ tịch Viện Khoa học xã hội Việt Nam có Quyết định số 1038/QĐ-KHXH thành lập Nhà xuất bản Từ điển bách khoa thuộc Viện Khoa học xã hội Việt Nam, Quyết định số 1040/QĐ-KHXH quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Nhà xuất bản. Ngày 20 tháng 10 năm 2008, Chủ tịch Viện Khoa học xã hội Việt Nam ký Quyết định số 1173/QĐ-KHXH ban hành Quy chế về tổ chức và hoạt động của Nhà xuất bản.[2]